Usar OpenBabel para convertir sdf to pdb (entre otros)

instalar OpenBabel en Debian Linux

sudo aptitude install openbabel openbabel-gui

ver formatos soportados

obabel -L formats %ver formatos soportados

comando de conversión de un sdf con múltiples moléculas a varios archivos pdb con los nombres de las moléculas

obabel ambinter_natural_compounds_3D.sdf -O dummy.pdb –split

(http://vina.scripps.edu/manual.html#linux)

Descargar autodock de:

http://vina.scripps.edu/download/autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz

./autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vina –help

~/local/Covid/autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin$ ./vina –receptor ../../Receptor2fomDENV.pdb –ligand ../../ligands/Amb264320.pdb –log test.log –center_x 0 –center_y 0 –center_z 0 –size_x 1 –size_y 1 –size_z 1