Usar OpenBabel para convertir sdf to pdb (entre otros)

instalar OpenBabel en Debian Linux

sudo aptitude install openbabel openbabel-gui

ver formatos soportados

obabel -L formats %ver formatos soportados

comando de conversión de un sdf con múltiples moléculas a varios archivos pdb con los nombres de las moléculas

obabel ambinter_natural_compounds_3D.sdf -O dummy.pdb –split